En ouvrant ces fichiers et en traçant l'évolution de chacune de ces grandeurs (attention de remplacer les points par des virgules), on observe que, bien que la température soit théoriquement constante, elle évolue. C'est aussi le cas pour l'énergie totale, comme l'indique cette image. On y lit la température (en noir) sur l'axe de droite et l'énergie totale (en bleu) sur l'axe de gauche. L'objectif est néanmoins atteint puisque la température moyenne du système est de l'ordre de 298 K.

Maintenant, vous pouvez essayer de modifier divers paramètres, afin d'en visualiser l'effet sur la trajectoire du système. Vous pouvez aussi réaliser des simulations sur d'autres systèmes (le C60 par exemple) et analyser l'évolution de distances ou d'angle au fur et à mesure du temps.

Notez que le logiciel propose deux autres tutoriels qui vous permettrons de vous familiariser davantage avec les simulations de dynamique moléculaire.