Morphologie des champignons actuels
Le thalle de la très grande majorité des espèces est constitué par l'enchevêtrement de nombreux filaments très fins et ramifiés dont l'ensemble forme un mycélium. Ces filaments peuvent être cloisonnés, on les appelle hyphes, ou non cloisonnés, ce sont alors des siphons ou coenocytes.
Cette différence de morphologie au niveau du thalle permet de distinguer :
les septomycètes (ascomycètes et basidiomycètes) qui possèdent un mycélium cloisonné,
les siphomycètes (trychomycètes, phycomycètes et zygomycètes) possèdent des siphons.
L'enchevêtrement des filaments est très complexe et désordonné. Il peut former des pseudotissus que l'on appelle prosenchyme et plectenchyme et qui prennent l'aspect de :
massifs plus ou moins compacts (appelés coussinets ou stroma),
de gros cordons ramifiés (appelés rhizomorphes),
ou de tubercules (appelés sclérotes).
Il existe aussi des champignons à thalle unicellulaire comme les levures et à thalle plasmodial comme les myxomycètes.
Chez certains basidiomycètes, au moment de la reproduction sexuée, le mycélium s'organise en carpophore, souvent constitué d'un pied et d'un chapeau.
Les ascomycètes forment des ascocarpes en forme de coupe très évasée comme chez la pezize orangée, d'un ensemble de petites coupes chez la morille, ou repliée sur elle-même en tubercule comme chez la truffe par exemple.
