Les modèles en modélisation moléculaire

Quels sont les arrangements géométriques possibles des atomes d'une molécule ?

Quelles sont leurs énergies relatives ?

Quels sont les conformères les plus stables ?

Quelles sont les barrières d'énergie à franchir pour passer d'une conformation à une autre ?

Quel est l'espace conformationnel accessible à un niveau d'énergie donné ?

Quelles sont les proportions des différents conformères à une température donnée ?

Quelle est la répartition (distribution) des électrons dans la molécule ?

Forme et énergie des orbitales moléculaires

• Moment dipolaire.

• Polarisabilité électrique.

• Déplacement chimiques et constantes de couplages RMN.

• Fréquences de vibrations. Intensité d'absorption en infrarouge

• Spectres de transition.

• Potentiel d'ionisation, affinité électronique.

• Spectres de dichroïsme circulaire.

Quelles sont les forces s'exerçant entre deux molécules en interaction ?

(petites molécules, macro molécules – ligands, macro molécules – macro molécules)

Comment vont-elles, ou non, s'associer pour réagir l'une sur l'autre ?

Quel est le rôle du solvant ?

Que se passe-t-il aux interfaces entre phases, aux interfaces biologiques ?

Quels sont les états de transition le long d'un chemin réactionnel ?

Quels sont leurs caractéristiques énergétiques et entropiques ?