La dynamique moléculaire

Toutefois, dans cette représentation, il faut faire attention à ce qu'une molécule ne soit pas en interaction avec son image dans la boite qui lui est virtuellement accolée, ce qui représenterai mal la réalité. Pour cela, les interactions de chaque molécule avec son environnement doivent être tronquées à une distance qui est au plus égale à la moitié de la taille de la boite. On appelle ceci la convention d'image minimum (Minimum Image Convention en anglais). On va donc négliger les interactions d'une molécules avec les molécules se situant à une distance supérieure à la demi-taille de la boite de solvant. On a appelle cette distance la distance de troncature ou 'cut-off' en anglais.

Chaque molécule de soluté ne pourra pas interagir avec des molécules situées au delà de la sphère ayant pour rayon la moitié de la taille de la boite de solvant. La flèche grise représente le rayon de troncature (cut-off) maximum.