Les modèles en modélisation moléculaire

Pour un même problème, les différentes méthodes disponibles peuvent conduire à des résultats quantitativement très différents.

Est-ce à dire qu'on choisira la bonne méthode en les appliquant toutes tour à tour et en retenant celle qui donne des résultats conformes aux données expérimentales disponibles ?

Voire, et ce serait plus grave sur le plan de l'honnêteté scientifique, conformes aux résultats attendus ?

Autrement dit cherche-t-on simplement à reproduire des résultats que l'on connaîtrait déjà ?

Cela enlèverait tout intérêt à la simulation dont on attend précisément qu'elle puisse nous permettre de prédire des propriétés que l'on est dans l'incapacité de mesurer ou de prévoir le comportement de systèmes moléculaires qui n'ont pas encore été étudiés, d'orienter en quelque sorte les travaux expérimentaux futurs.

Un autre aspect important se trouve dans la capacité d'interprétation (certains dirons d'explication) que permet la modélisation. En révélant par exemple des conformation privilégies, des modes particuliers d'interaction, des comportements dynamiques de systèmes, des chemins réactionnels et en les "expliquant" la modélisation ouvre la voie à une réflexion créatrice qui concerne autant l'expérimentateur que le théoricien. La fertilité de l'approche réside dans cette synergie entre expérience et théorie.

Contrairement aux apparences, il est donc important que l'utilisateur des logiciels de modélisation moléculaire ait une bonne connaissance des méthodes qu'il emploie, des résultats qu'on peut en attendre de leurs domaines respectifs de validité.