l'œil du chimiste
La chimie est dans tout ce qui est matière et dans les transformations que subit celle-ci. Discipline centrale, elle connaît des développements considérables dans les sciences de la vie et dans les sciences de l'univers. La chimie est un des tout premier champ d'application et de découverte de la physique. Sous ses aspects macroscopiques, la matière est visible et, par opposition à la notion de virtuelle, on emploie couramment la notion de matériel. Ainsi dans ces aspects molaires ou macroscopiques la chimie est visible, colorée, odorante : des moles de \(\textrm{NaCl}\), cristal blanc dans une salière, d'\(\textrm H_2\textrm O\) dans une carafe d'eau.
Il en est tout autrement à l'échelle microscopique, c'est-à-dire atomique et moléculaire. On ne peut voir directement les molécules. Les progrès constants des techniques d'analyses permettent de voir l'image de gros atomes à la surface de solide (microscope à balayage à effet tunnel) mais l'observation directe de la molécule, notamment de la chimie organique, n'est pas réalisable (à ce jour) voire réaliste (principe d'Heisenberg).
La dimension des objets moléculaires en chimie organique, interdit une observation directe. Les molécules de la chimie organique classique sont constituées d'atomes parmi les plus légers, en particulier l'hydrogène (le plus petit) mais aussi d'atomes de la seconde période \(\textrm C\), \(\textrm O\), \(\textrm N\) de tailles très faibles. Les longueurs de liaisons sont de l'ordre de l'Angstrom \(10^{-10}\) m ou \(10^{-1}\) nanomètre.
\(\textrm C_2\textrm H_6\textrm O\) devient \(\textrm{CH}_3\textrm{CH}_2\textrm{OH}\)
De plus les organiciens sont très concernés par la stéréochimie des molécules, c'est-à-dire, qu'au-delà de la connectivité des atomes, ils souhaitent connaître leur position dans l'espace, avec la mesure des angles de liaisons, la possibilité de rotation autour de ces liaisons etc.
De façon plus académique, on peut dire que les représentations qui précédent sont des sortes d'"idéogrammes" à la disposition des chimistes combinant lettres de l'alphabet pour les noyaux des atomes et des traits pour les liaisons. Cette représentation est un codage, mais pas une vision de la molécule.